Alates 2013. aastast ei ole geneetiliselt muundatud toitu selgelt klassifitseeritud ja erinevaid klassifikatsioone saab teha vastavalt erinevatele standarditele vastavalt praktikale.
Vastavalt sellele, kas geneetiliselt muundatud toit sisaldab standardina geneetiliselt muundatud allikat, võib selle jagada kolme liiki:
(1) Geneetiliselt muundatud toit, mis ei sisalda geneetiliselt muundatud toitu, on geneetiliselt muundatud organismidest saadud toit, kuid tooted ise ei sisalda ülekantud geene.
(2) Geneetiliselt muundatud toit sisaldab geneetiliselt muundatud koostisosi, kuid nende omadusi on töötlemise käigus muudetud ja geneetiliselt muundatud toidus ei ole enam ülekantud toimeaineid.
(3) Geneetiliselt muundatud toit sisaldab aktiivseid geneetilisi komponente. Pärast seda, kui inimesed söövad selliseid geneetiliselt muundatud organisme või toitu, mõjutavad ülekantud geenid ja organismide loomupärased geenid inimkeha.