Fluorestsentsmikroskoobil ja tavalisel mikroskoobil on järgmised erinevused
1. Valgustusmeetod on tavaliselt epivalgustus, st valgusallikas projitseeritakse proovile läbi objektiivse läätse;
2. Valgusallikas on ultraviolettvalgus, lainepikkus on lühem ja eraldusvõime on suurem kui tavaliste mikroskoopide eraldusvõime;
3. On kaks spetsiaalset filtrit. Valgusallika ees olevat valgust kasutatakse nähtava valguse filtreerimiseks ning seda, mis jääb silmaklappide ja objektiivse läätse vahele, kasutatakse ultraviolettkiirguse filtreerimiseks, et kaitsta inimese silmi.