Nad elavad tavaliselt jõgede, järvede ja soode lähedal lopsakate veetaimede ja pilliroogudega aladel ning mõned neist elavad 2400 meetri kõrgusel.
Jõehobud on poolveeimetajad, kes elavad tavaliselt madalates järvedes, jõgedes ja soodes. Vesi peab olema piisavalt sügav, et jõehobu kogu oma keha vette uputaks. Üldiselt on kõige parem kasutada vett umbes 2 meetri sügavusel. Päeval eelistavad jõehobud magada madalas vees või magada aeg-ajalt tihedatel mudaravil. Just nendes vetes toimub paaritumine ja sünnitus. Kui madal vesi puudub, on jõehobu sügavamas vees ja saab hingata ainult siis, kui jätab ninasõõrmed pinna kohale. Jõehobu tuli hämaras veest välja, läks toidule kaldale ja kõndis siis mööda veekallast tuttavale rajale, tavaliselt vähem kui 1,6 kilomeetrit, tihedale karjamaale.