Patogeen on mikroorganismide ja parasiitide kollektiivne termin, mis võib põhjustada haigusi. Mikroorganismid moodustavad valdava enamuse, sealhulgas viirused, klamüüdia, rickettsia, mükoplasma, bakterid, spirochetes ja seened; parasiidid hõlmavad peamiselt algloomi ja usse. Patogeenid on parasiitorganismid ja parasiitsed looduslikud peremehed on loomad, taimed ja inimesed. On rohkem kui 400 liiki mikroorganisme, mis võivad inimesi nakatada, ja need on laialdaselt inimese suus, ninas, neelus, seedetraktis, urogenitaalses traktaadis ja nahas.
Igaüks võib olla nakatunud rohkem kui 150 liiki patogeenidega oma elus. Inimese normaalse immuunfunktsiooni tingimustes ei põhjusta nad haigusi ja mõned on isegi inimkehale kasulikud. Näiteks võib soolestiku taimestik (E. coli jne) sünteesida mitmeid vitamiine. Nende taimestiku olemasolu võib pärssida ka mõnede patogeensemate bakterite paljunemist, nii et neid mikroorganisme nimetatakse normaalseks mikrobiootaks (normaalne taimestik). Aga kui keha immuunsus väheneb, on tasakaal inimeste ja mikroorganismide vahel Kui see hävitatakse, võib normaalne taimestik põhjustada ka haigusi, nii et neid nimetatakse ka tingimuslikeks patogeenideks (tingimuslikud patogeenid). Kas keha ründab patogeen või mitte, on ühelt poolt seotud oma immuunsusega, teiselt poolt sõltub see ka patogeeni patogeensusest ja sissetungide arvust. Üldiselt, mida suurem on arv, seda suurem on haiguse võimalus. Eelkõige vajavad nõrgema patogeensusega patogeenid haiguste tekitamiseks suuremat kogust. Mõned mikroorganismid on üsna patogeensed ja võivad põhjustada kergete infektsioonidega haigusi, nagu katk, rõuged ja marutaud.