Need, kes on geneetiliselt muundatud toidu vastu, hõlmavad mitmesuguseid huvirühmi, alates Greenpeace'ist kuni põllumajandustootjate ühenduste ja kristlike kirikuteni jne. Nende vastuseis on koondunud kolme valdkonda:
Esiteks on geneetiline muundamine looduse vastu ja seega kahjulik. Toetajad ütlesid, et tänapäeva põllukultuurid ei ole enam primitiivsed sordid, vastasel juhul peaksid köögiviljad, mida inimesed söövad, olema samad, mis rohi, mida loomad söövad.
Teiseks, pärast herbitsiidiresistentsuse või toksiliste kahjuritõrjefunktsioonidega geenide sissetoomist taimedesse, kas toit, mida nad inimestele pakuvad, on ohutu? Vastuseks sellele rõhutasid toetajad, et seni ei ole ükski kvalifitseeritud teadusasutus leidnud tõendeid selle kohta, et geneetiliselt muundatud toit kahjustab inimeste tervist, kuid nende pikaajalist mõju saab järeldada ja inimeste veenmiseks on raske saada põhjalikke tõendeid.
Kolmandaks, kas on võimalik, et ka geneetiliselt muundatud taimede edendamine mõjutab kiirustades põllumajandust ja ökoloogilist keskkonda? Herbitsiididele resistentsete geneetiliselt muundatud põllukultuuride edendamine võib julgustada põllumajandustootjaid herbitsiide ülekasutama, kahjustades või isegi väljasuredes mõningaid mittepõhikultuure. Paljud arengumaade põllumajandustootjad on kasutanud selliseid mittepõhikultuure täiendava toiduna või söödana. USA kalanduse ja eluslooduse administratsioon on avastanud, et herbitsiidide mõju ohustab 74 taimeliiki.