Isepuhastussüsteem viitab süsteemile, millel on teatav isepuhastumis- ja keskkonnasaasteainete neeldumisvõime. See on agroökoloogiline kompleks, milles keskkonnasaasteained isepuhastuvad eeldusel, et põllumuldade, taimede ja mikroorganismide füüsikaliste, keemiliste ja bioloogiliste mõjude kaudu ei ületata keskkonnavõimet.
